Atlas de proteínas humanas

Fazendo um puxadinho do post anterior, digo, em relação a apresentação de algumas ferramentas web-based que podem ser muito úteis no nosso dia-a-dia, hoje portanto, falarei um pouquinho de mais uma que achei sensacional.

Lembro-me que no colégio tinha aversão em usar aquele livro com vários mapas geográficos que nos anunciavam parâmetros políticos, climáticos, tipo de vegetação, sim ele mesmo, o atlas; lembram-se daquelas letras miudinhas -, terrivelmente medonhas, não?!

Nos dias atuais, graças a Deus me vejo livre desse tipo de coisa geográfica – não me pertence mais –, mas uma coisa é certa, ainda não me livrei dos fascículos com fotos explicativas anexas a obras científicas, sim, eles mesmos os atlas, e digo mais, diversos deles: anatomia, histologia, microbiologia, e agora, proteínas.

Mas como assim, atlas de proteínas, soa um pouco estranho, não?!

Quem aqui consegue tirar uma fotinho de uma dessas moléculas e colocar em um livro ou banco de dados, heim heim heim??? Bem, já vou lhes explicar meus caros amigos.

HPR (Human Protein Resource)

Certo dia em uma das minhas navegadas científicas na web, me deparei com uma ferramenta que achei bem legal, é o Atlas de Proteínas Humanas. Como disse acima, irei explicar para vocês!

Este atlas é basicamente um banco de dados que permite a exploração sistemática do proteoma humano usando antibody-based proteomics(proteoma baseado em anticorpos, em tradução livre), logo é possível visualizar a expressão das proteínas nos mais diversos tecidos, tanto em estado normal quanto em tecidos com câncer. A “visualização” destas proteínas são feitas utilizado-se de métodos imunohistoquímicos, imunoflorescência microscopia confocal, westernblot, e protein array.

Um breve preview

Na página inicial, temos logo de cara uma barra de busca, esta barra é de texto livre onde podemos simplesmente escrever o nome de uma proteína desejada e esperar o resultado.

Logo abaixo desta barra de buscas, podemos verificar também a possibilidade de busca por cromossomos humanos, ainda mais, temos as opções de buscas avançada e por classe de proteína. Ao efetuar uma busca, a página resultante nos fornece uma listagem com dados tais como: nome do gene que codifica a proteína, descrição da proteína, cromossomo, links (para outras bases), classe, ID do anticorpo que se liga a esta proteína, e os tipos de validações efetuadas para comprovação dos dados.

Lógico que puxando a sardinha para o meu lado, realizei uma breve busca para a proteína CD2AP, que em linhas gerais é uma proteína responsável por ancorar a fenda diafragmática dos podócitos no citoesqueleto de actina do glomérulo renal. Mas a despeito do que é e o que faz esta proteína, o que desejo enfatizar aqui é a parte dos anticorpos(antibody ID). Ao clicar em um dos anticorpos listados na coluna você tem um perfil de expressão da proteína com base na ligação com aquele anticorpo nos mais diversos tecidos, tanto normais quanto cancerosos. Ainda é possível analisar expressão da proteína em linhagens celulares demonstradas por Imunuohistoquímica, Imunoflorescência, diagramas de expressão celular e muito mais.

Sugiro que acessem e conheçam essa ferramenta interessantíssima, pois digo-vos que realmente vale a pena.

O link para acesso é: http://www.proteinatlas.org

Abraços a todos.

O Advento da (bio)informática na nossa vida de cientista.

Quem se lembra como eram feitas as pesquisas em revistas científicas no passado, ou ainda, como era restrito aos seletos grupos o conhecimento de alto nível?! Pois é, como diria o Dr Pedro – amigo meu da faculdade. A respeito da primeira, digo-vos que não me lembro, só conheço por relatos, a segunda, vi meu irmão passar ainda quando eu era pequeno.

A professora do curso de citogenética que fiz contava para a classe como as coisas andavam a passos de tartaruga no passado, e sempre gostava de fazer analogia com tudo aquilo que dispomos nos dias atuais, sempre visando a facilidade no acesso de conteúdo dos mais diversos nichos científicos.

O importante de tudo isso é que com o advento da world wide web – a famosa internet – muitas barreiras foram quebradas, e hoje, coisas como pesquisas bibliográficas e até mesmo algumas aulas de altíssimo nível, podem ser encontrados na rede.

Bem meus caros amigos, lógico que esse larárá todo não foi só para falar do passado e do presente, né?! Mas sim para lhes apresentar duas ferramentas interessantíssimas que podem estar ao nosso alcance em apenas alguns clicks.

HHMI

O HHMI (Howard Hughes Medical Institute), é uma instituição filantrópica de grande porte nos Estados Unidos que tem por meta o apoio e financiamento de pesquisas biomédicas e educação em ciência. No site do instituto é possível encontrar uma página totalmente voltada ao ensino em ciência contendo vídeos, animações, palestras, aulas interativas, laboratórios virtuais etc...e ainda, todo esse conteúdo é de extrema qualidade. O link é esse: http://www.hhmi.org/coolscience.

Pathway Interaction Database

Humm....essa sou suspeito para falar. A despeito de meu amor reprimido pela informática (já fui programador um dia, hoje sou aspirante a cientista biomédico..rss), devo concordar com as maravilhas que a informática aplicada à biologia nos fornece.

O PID (Pathway Interaction Database) fornece um amplo espectro de informações muito bem estruturadas a respeito de interações biomoleculares e importantes processos celulares na forma de vias de sinalização. Este é uma colaboração entre o U.S National Cancer Institute e o Nature Publishing Group. Vale muitíssimo a pena conferir amigos, o link é o seguinte: http://pid.nci.nih.gov/index.shtml.

Bem prezados, por hoje é só, digo-vos que tentarei voltar a escrever mais periodicamente.

Abraços a todos.

Os meus rastros de carbono por aí.

É difícil compreender o tempo, sabe?!

Quando digo o tempo, não digo o tempo horas, minutos, segundos – mas sim, o clima!

Ninguém consegue prever ao certo se vai chover, fazer sol, frio ou calor, ainda mais nos dias de hoje, ainda mais em São Paulo -, nem mesmo os meteorologistas conseguem entrar em consenso.

Isto tudo, na verdade, é uma resultante da atitude de todos nós que em milhares de anos temos deixado nossos “rastrinhos” de carbono por aí. Ainda mais, de uma centena de anos para cá, com o advento da industrialização, temos aumentado significativamente a nossa quantidade de carbono emitida na atmosfera, contribuindo, assim, de forma extremamente significante para o famoso efeito estufa, ou aquecimento global.

Socorro, estamos virando uma estufa no sistema solar, alguém faça algo!

Todos nós, ou boa parte de nós, sabemos dos efeitos deletérios e derretérios(sacou a piadinha???...afff...rs) que essa mudança climática maluca pode causar, e está causando pouco a pouco. Entretanto, existem pessoas extremamente preocupadas com os fatores causadores desta instabilidade e com o resultado obtido.

Estes seres, dotados de boa vontade para com o meio ambiente, realmente fazem alguma coisa e estimulam os outros a fazerem (aproveito o momento para expressar minha admiração por estas pessoas), mostrando como algumas simples ações podem contribuir para a melhora desta descompensação climática, que infelizmente já tem atingido grandes proporções.

Estou em débito com planeta, me desculpem!

Bem, prezados leitores, não posso omitir que muitas das vezes expresso certo descaso com toda esta situação. Sinto-me um pecador, gerando diversos malefícios e contribuindo para o aquecimento global, mas tenham certeza que, de quando em quando procuro remissão, tentando, assim como nossos amigos citados acima, mostrar boa vontade para com o meio ambiente.

Espero, por mim mesmo, a partir deste post, começar a tomar mais “green atitudes”, e contribuir em maior escala para o bem de nós todos, e creio que posso começar agora, lavando e reutilizando o copinho plástico de café que se encontra ao meu lado esquerdo enquanto termino este post.

Abraços a todos.

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Este post faz parte do Blog Action Day '09

Extra, extra, extra – cientistas “inventam” macaquinho que brilha!

Provavelmente, você já ouviu falar a respeito de algum animal marinho, tipo água-viva que possui a maravilhosa capacidade de brilhar, literalmente. E também, provavelmente, você já ouviu falar de uma coisa chamada engenharia genética (biotecnologia), não?!

Bem, e mais recentemente, você deve ter escutado alguns rumores a respeito de porquinhos, camundongos, gatinhos, cachorrinhos e até macaquinhos que podem brilhar. Sim...mas como assim, animais que brilham???

Vamos associar as coisas - a engenharia genética nos dá a possibilidade de criar alguns organismos modificados, logo, insere-se o gene responsável pela produção da proteína com capacidade de fluorescência das águas-vivas em outro tipo animal e pronto, temos animais que também podem brilhar.

O quê é?

O fator responsável pela fluorescência nestes modelos animais, e alguns bacterianos, os quais não foram supracitados, é uma proteína denominada GFP (Green Fluorescent Protein). Esta proteína é encontrada em uma espécie de água-viva a Aequorea victoria.

A GFP por si só, não brilha, o mecanismo que ocorre (na água-viva), é que quando uma proteína chamada aquorin interage com o íon Ca2+, esta emiti uma luz azul a qual é absorvida pela GFP que “de tabela”, brilha.

Em animais transgênicos, para que o fator de fluorescência ocorra, é necessário inserir o gene da GFP com o gene de uma proteína de interesse, assim, quando a proteína for sintetizada, a GFP também será, e quando expostos à luz ultravioleta, voìla, eles brilham.

Mas qual o motivo?

A partir dessa maravilhosa descoberta, os cientistas obtiveram a capacidade de analisar processos de desenvolvimento celular, propagação do câncer, quando proteínas são feitas e para onde elas se destinam. Isso tudo não se resume apenas a uma mera brincadeira de criação de organismos “bonitinhos”, mas sim, mais uma ferramenta de grande utilidade para a ciência.

Abrindo parênteses rapidamente: a mídia tem veiculado uma grande gama de informações a respeito das GFPs , contudo, o que cabe a mente do leitor leigo é mais a atração ou aversão (rs), em relação aos animais que têm a capacidade de emitir “seu brilho” quando expostos à luz ultravioleta, e isso tem gerado ações de ativistas contra a bela e maravilhosa ciência.

Nobel Prize

Não é para menos que, os principais estudiosos dessa proteína (Osamu Shinomura, Martin Chalfie e Roger Tsien) tenham sido contemplados com 8 milhões de coroas suecas na área da química e um enorme prestígio em ganhar este prêmio tão sonhado por centenas, senão milhares de cientistas ao redor do mundo no ano passado (2008).

Caros amigos e leitores, em síntese: quero ganhar o prêmio Nobel com uma descoberta revolucionária; quero que ativistas se informem mais antes de abrirem suas boquinhas; e por fim, quero um macaquinho fluorescente para brincar na minha sala com luz UV aos finais de semana, quando estiver ausente do lab e da facul.

Abraços a todos.

“Bate papo bacteriano” através de mecanismos moleculares

Pois é, mais uma vez a nossa “amigona” biologia molecular nos ajudando a elucidar alguns mistérios.

Há alguns meses, um vídeo no Ted ideas mostra um impressionante mecanismo pelo qual bactérias “conversam entre si”. Eu, particularmente, dispenso comentários, só peço que gastem 18 minutos da suas vidas (que valem muito a pena), assistindo está maravilhosa aula da professora de biologia molecular em Princeton, Bonnie Basler. (com legenda para 15 línguas, inclusive o nosso “brasileiro...rsss”)

Um pouco disso, outro daquilo e voilà – tem-se um microscópio no seu celular

Alguém em um passado um pouco distante, resolveu utilizar um composto de lentes de aumento (microscópio) para visualizações de tecidos animais. Outro alguém, em um passado menos distante, digo, no século passado ainda, resolveu fazer a grande invenção de Alexander Graham Bell “circulável” pelas ruas (celular).

Agora, cerca de um mês, mais ou menos, algumas figuras da bioengenharia (pesquisadores..rss), resolveram mesclar as invenções citadas acima, criando um microscópio que pode ser acoplado em um celular.

Bem vamos lá falar um pouquinho dessa nova invenção.

Sim, de fato, é um microscópio portátil para celular, idéia interessante e com uma proposta muito interessante também. Segundo o artigo publicado pelos autores dessa nova façanha, a criação desse novo instrumento visa facilitar a vida do pessoal ligado à área diagnóstica de regiões em desenvolvimento e áreas rurais, que devido ao alto custo de treinamento e restrição de equipamentos, não podem desfrutar desta ferramenta importantíssima no diagnóstico, que é a microscopia.

O conjugado, ainda segundo os autores, tem custo baixo e acima disto, é 2 em 1, pois além de ser um microscópio de luz com ótima resolução de imagem, funciona como um microscópio de fluorescência (fora as funções do celular...rss).

Para comprovar a qualidade do novo “mobile phone based clinical microscopy”(algo como: celular com base para microscópio clínico, em tradução livre), os pesquisadores analisaram algumas amostras de sangue infectado com malária e amostras de anemia falciforme, para o microscópio de luz, e, amostras de escarro contendo a bactéria causadora da tuberculose para o microscópio de fluorescência.

Os resultados foram animadores, pois em todos os casos a resolução obtida pelo microscópio portátil excedeu a resolução necessária para análise de células sanguíneas e à morfologia de alguns microorganismos. Ou seja, em todos os casos esse novo pequeno aparato mostrou potencial para uso clínico.

Em conclusão caros leitores, quero um desse para realizar análises em casa, no metrô, nas ruas, na fazenda ou numa casinha de sapêêêêê...rsss....

Abraços a todos.

*Para acessar o artigo na íntegra, acesse o link: http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0006320

É porcina*?? Socorro, traga-me o EPI!!!!

Diria que está se tornando moda aqui no Brasil, começou perto, foi para longe, e agora, com alguns bons números de casos, está também causando aqui, no país verde e amarelo. Sim, é dela mesmo que irei falar neste post, a nova vilã do pedaço, a GRIPE SUÍNA, SWINE FLU ou GRIPE PORCINA, seja lá em que língua for a gripe é a mesma!

Um pouquinho sobre a influenza(gripe):

A influenza é basicamente causada por uma infecção viral. O vírus é da família Ortomyxoviridae, conhece-se três tipos de influenzavírus, o tipo A, B e C. O causador das grandes pandemias é o tipo A. O vírus possuí RNA como material genético e duas importantes proteínas no seu envelope, a hemaglutinina (H) e a neuramidase (N), daí os Hs e Ns tão ouvidos e lidos...H1N1, H5N1, por aí afora.

O vírus influenza constantemente sofre mutações, tanto que a cada ano há uma reavaliação da vacina que é aplicada, essas variações de ano para ano são relativamente pequenas, contudo, variações de grande porte também costumam ocorrer na ordem de 10 a 15 anos. A influenza A (H1N1), basicamente é um “catado” genético da gripe aviária, gripe suína(ocorrente em porcos, geralmente) e da gripe humana sazonal, porém as complicações por ela causada aparentemente são mais potentes.

No Brasil:

Em meados do mês do Julho, o Brasil após algum tempo de investigação epidemiológica, definiu estado de transmissão sustentada, fato este que gerou mudanças na conduta de identificação da doença, de forma que todo caso de gripe fosse levando em consideração, ou seja, suspeito.

Alguns laboratórios de referência nacional, tais como, Adolfo Lutz, Fiocruz e Instituto Evandro Chagas, conjuntamente, já analisaram mais de 6 mil amostras, sendo uma quantia considerável de casos positivos(24%), e ainda possui mais de mil amostras em processamento. O Brasil já registra 34 óbitos pela nova vilã, contudo é importantíssimo ressaltar o grande empenho que esta sendo feito para manter o controle, um exemplo foi a liberação de uma verba de 129,5 milhões para ações de prevenção, preparação e enfrentamento, também através de informativos de toda sorte, tanto pelo ministério da saúde quanto pelos mais variados tipos de mídia.

Breves conselhos:

Bem, como todo bom cidadão me sinto na obrigação de tentar ajudar de alguma forma, então lá vão alguns breves conselhos:

• Evite aglomerações, locais públicos ou fechados (metrozão às 7hs da matina..rss).

• Procure o mínimo contato com pessoas doentes (indícios de gripe).

• Atenção com o contato com superfícies.

• Cuidado com mão na boca, olhos e nariz, pois são as vias pelas quais o vírus tem preferência.

• Lave as mãos contantemente, principalmente após tossir, espirar.

• Utilize lenços descartáveis.

• Em caso de algum sintoma parecido, procure um médico imediatamente e procure ficar em casa até se sentir melhor.

Em relação, à nova pandemia, deve-se ressaltar que o melhor tratamento, ainda é a prevenção, portanto, mantenha-se informado e, por favor, PREVINA-SE!

Abraços a todos.

*foto: Eneas De Troya